Esta nossa história é contada pelo Pr. Pedro Mendes juntamente com Pr. Narcy Wutzki.
“A Extensão do STBI – São Paulo- Capital deu-se a partir da necessidade que víamos de oferecer aos jovens vocacionados para o ministério pastoral e evangelístico, residentes na grande São Paulo, a oportunidade de um preparo mínimo para o trabalho. Reconhecíamos a dificuldade de relacioná-los numa recomendação ao nosso Seminário situado em Campinas, em vista da distância e questões de emprego e de sustento óbvias.Os pastores e irmãos Paulo e Pedro Mendes tiveram, pela graça do Senhor, a iniciativa que contou com o apoio da então Junta Educacional do STBI – Campinas, a quem muito agradecemos; e com a considerável e valiosa cessão da “sala da mocidade” da Igreja Batista Filadélfia em Água Rasa, sem ônus (primeiro subsolo), que forneceu o ambiente necessário para iniciarmos o curso teológico. O irmão Felipe Dias de Oliveira, esposo da irmã Roseli Kühnrich, ganhou da empresa onde trabalhava, um bom armário para a biblioteca que, pouco a pouco, foi-se formando. Os recursos eram ínfimos, mas não houve interrupção do trabalho, nem um ano ficou sem matrículas. Por tudo seja louvado o Senhor da Seara, que inspirou, dirigiu, supriu e fez prosperar.” “Deu-se início no dia 11 de março de 1985, às 19h30 nas dependências da Igreja Batista Filadélfia em Água Rasa, tendo como preletor o Pr. Walmir Vargas dos Santos.Entre os primeiros alunos, constam o Pr. José Sozza, atualmente servindo à congregação da Igreja Batista Filadélfia de Água Rasa em Jardim Santa Adélia, e a irmã Zoraide de Oliveira Cardoso (esposa do Pr. Milton),hoje missionária em La Coruña, Espanha. Também o Pr. Albino Batista Freire, pastor em Mauá. Em 1996 o Curso Básico oferecido passou para Curso Médio em teologia, passando de 64 créditos para 96 créditos. A partir de 1998 o STBI-SP instituí o Curso de Bacharel em Teologia com Especialização em Missões criado em fevereiro de 1998, tendo seu funcionamento nas salas de Educação Cristã na Igreja Batista Filadélfia em Lausane Paulista. O Pastor Narcy Wutzki era o Diretor do curso e o Pr. Bertil Ekström o Coordenador. A primeira formatura do Bacharel foi no ano 2000, com 09 formandos. Em fevereiro de 2001 foi criada a Extensão em Sorocaba e em março de 2001 ocorreu a mudança da sede do Seminário para a rua Herval, próximo ao metrô Belém. Até 1997 o seminário atuou como extensão do Seminário em Campinas. Após essa data tornou-se independente, mantendo vínculo através da JET(Junta de educação Religiosa). 
DIRETORES 
O Pr. Pedro Mendes foi diretor da extensão de 1985 a 1991 (sem remuneração).  Em 1992, o Pr. Jonathan Pinto de Almeida assumiu a direção permanecendo nela até 1995. Em 1996, o Pr. Narcy Wutzki, assumiu a direção do Seminário. Para auxiliar o diretor foi convidado o Pr. Jonathan Pinto de Almeida para ser Deão, cargo que exerceu de janeiro de 2000 até abril de 2001. O Pastor Narcy Wutzki deixou a direção do STBI/SP em Junho de 2001. A partir de julho de 2001 a Prof.ª Silvana M. Mosquetta Bazakas assumiu o cargo de Diretora Acadêmica do Seminário de São Paulo.
No dia 30/11/2006 a mesma partiu para o senhor. Interinamente o Pr. Wilson Guimarães assumiu a diretoria do seminário. Em 01/07/2007 assume e permanece até a presente data como Diretor Acadêmico, o pastor Sérgio Fernando de Souza, ex-aluno e professor no seminário. Em 06 de Outubro de 2011 foi nomeado Diretor acadêmico pela diretoria da Cibiesp o Pastor Isaac Gomes de Oliveira ex-aluno e professor do STBISP.  O Seminário Teológico Batista Independente - São Paulo conta hoje com sete extensões; sendo uma na cidade de Sorocaba, Mogi das Cruzes, Jardim Mauá, Conchas, Francisco Morato, Assis e Presidente Prudente e a inclusão dos cursos de adaptação denominacional, cursos em módulos on line (EAD) oferecendo em todas as extensões o curso médio em teologia. Na capital São Paulo o seminário oferece o curso médio e o curso avançado em teologia, além dos cursos de formação em educação religiosa e formação em ministério de louvor. Contando ao todo com aproximadamente 130 alunos (Outubro/2011).
O STBI-SP está ligado à CIBIESP (Convenção das Igrejas Batistas Independentes de São Paulo) tendo a mesma diretoria, à JET (Junta de Educação Teológica) e à AETAL (Associação Evangélica Teológica da América Latina).